Clarity BioSolutions for Synthetic DNA/RNA

합성 DNA/RNA 올리고뉴클레오타이드 통합 워크플로우

Clarity BioSolutions는 올리고뉴클레오타이드(Oligonucleotide) 분석을 위한 시료 전처리 → LC/MS 분석 → 정제까지의 완전한 통합 워크플로우 솔루션입니다. 바이오분석 시료, 올리고 합성 정제, 분석물 특성화 등 3대 적용 분야를 포괄합니다.

4단계 15분 전처리

Clarity OTX - LLE 불필요

Core-Shell 고효율 분석

Oligo-XT - 최대 90% 효율 향상

>90% 회수율 정제

Clarity QSP - 20분 이내 완료

왜 Clarity BioSolutions인가?

전처리 → 분석 → 정제 통합

Clarity OTX: 바이오분석 시료 전처리 (Mixed-Mode SPE)
Clarity Oligo-XT: Core-Shell LC/MS 분석 컬럼
Clarity QSP: DMT-On 올리고 합성 정제

Core-Shell 기술의 우수성

5 µm: 기존 대비 90% 높은 효율
2.6 µm: 기존 3 µm 대비 85% 높은 효율
1.7 µm: 기존 sub-2 µm 대비 20% 높은 효율

신속한 시료 전처리

4단계, 15분: 복잡한 LLE 공정 불필요
>80% 회수율: Mixed-Mode SPE 흡착제
1 ng/mL: 정량 한계 도달 가능

적용 분야 & 자동화

3대 적용 분야: 바이오분석, 합성 정제, 특성화
Presston 100: 매니폴드 호환 96-Well 자동화

Clarity OTX Extraction Kits

바이오분석 시료 전처리 - 4단계, 15분, LLE 불필요

Lysis-Loading

시료 용해 및 로딩

Wash

불순물 제거

Wash

추가 세척

Elute

올리고뉴클레오타이드 용출

90%

UV 회수율

27mer 포스포로티오에이트 10 µg

0.998

선형성 R²

10 µg ~ 100 µg 범위

10 µg

조직 검출 한계

1 g 간 조직 내

1 ng/mL

정량 한계

LC-MS/MS 분석

제품	설명	파트넘버
Starter Kit (Tubes)	OTX 추출 스타터 키트 (튜브형)	KS0-8494
Starter Kit (96-Well Plate)	OTX 추출 스타터 키트 (96웰 플레이트형)	KS0-9253
96-Well Plate	OTX 96웰 플레이트	8E-S103-EGA
Cartridge	OTX 카트리지 (50개/box)	8B-S103-EBJ
Lysis-Loading Buffer V2.0	용해-로딩 버퍼 1L	AL0-8579

Clarity Oligo-XT LC/MS 분석 컬럼

Core-Shell 기술로 기존 컬럼 대비 최대 90% 효율 향상

90%

효율 향상

5 µm Core-Shell vs 5 µm 완전 다공성

85%

효율 향상

2.6 µm Core-Shell vs 3 µm 완전 다공성

20%

효율 향상

1.7 µm Core-Shell vs 1.7 µm 완전 다공성

LC/MS/MS 조건: 50 x 2.1 mm, 유속 500 µL/min, 온도 40 °C, 이동상 HFIP/DIEA

분석용 컬럼 (Analytical)

입자 크기	규격 (mm)	파트넘버
1.7 µm	50 x 2.1	00B-4747-AN
1.7 µm	100 x 2.1	00D-4747-AN
2.6 µm	50 x 2.1	00B-4746-AN
	100 x 2.1	00D-4746-AN
	50 x 4.6	00B-4746-E0
	100 x 4.6	00D-4746-E0
5 µm	50 x 2.1	00B-4745-AN
5 µm	150 x 4.6	00F-4745-E0

Semi-Prep / Axia Prep 컬럼

타입	규격 (mm)	파트넘버
5 µm Semi-Prep	50 x 10.0	00B-4745-N0
	100 x 10.0	00D-4745-N0
	150 x 10.0	00F-4745-N0
5 µm Axia Prep	100 x 21.2	00D-4745-P0-AX
	150 x 21.2	00F-4745-P0-AX
	250 x 21.2	00G-4745-P0-AX
	150 x 30	00F-4745-U0-AX

Clarity QSP (Quick, Simple, Pure)

DMT-On (Trityl On) 올리고 합성 정제 - >90% 회수율, 20분 이내

Load

합성 올리고뉴클레오타이드 로딩

Detritylate

DMT 보호기 제거

Elute

정제된 올리고뉴클레오타이드 용출

QSP의 장점

Quick: 20분 이내 정제 완료
Simple: 3단계 간편 프로토콜
Pure: >90% 회수율로 고순도 올리고 확보

Presston 100 매니폴드 호환

96-Well Plate: AH0-9334
1 mL Tube: AH0-9342
3 mL Tube: AH0-9347
6 mL Tube: AH0-9343

주요 파트넘버 종합

Clarity BioSolutions 전 제품 라인업

카테고리	제품	규격	파트넘버
Clarity OTX	Starter Kit (Tubes)	키트	KS0-8494
	Starter Kit (96-Well)	키트	KS0-9253
	96-Well Plate	플레이트	8E-S103-EGA
	Cartridge	50/box	8B-S103-EBJ
	Lysis-Loading Buffer V2.0	1L	AL0-8579
Oligo-XT Analytical	1.7 µm	50 x 2.1 mm	00B-4747-AN
	1.7 µm	100 x 2.1 mm	00D-4747-AN
	2.6 µm	50 x 2.1 mm	00B-4746-AN
	2.6 µm	100 x 2.1 mm	00D-4746-AN
	2.6 µm	50 x 4.6 mm	00B-4746-E0
	2.6 µm	100 x 4.6 mm	00D-4746-E0
	5 µm	50 x 2.1 mm	00B-4745-AN
	5 µm	150 x 4.6 mm	00F-4745-E0
Oligo-XT Semi-Prep / Axia Prep	5 µm Semi-Prep	50 x 10.0 mm	00B-4745-N0
	5 µm Semi-Prep	100 x 10.0 mm	00D-4745-N0
	5 µm Semi-Prep	150 x 10.0 mm	00F-4745-N0
	5 µm Axia Prep	100 x 21.2 mm	00D-4745-P0-AX
	5 µm Axia Prep	150 x 21.2 mm	00F-4745-P0-AX
	5 µm Axia Prep	250 x 21.2 mm	00G-4745-P0-AX
	5 µm Axia Prep	150 x 30 mm	00F-4745-U0-AX
Presston 100 매니폴드	96-Well Plate	어댑터	AH0-9334
	1 mL Tube	어댑터	AH0-9342
	3 mL Tube	어댑터	AH0-9347
	6 mL Tube	어댑터	AH0-9343

조건별 선택 도구 (Interactive Selector)

합성 oligo의 Trityl 상태(DMT On/Off)와 합성 규모를 넣으면 QSP와 RP-Desalting 중 어느 쪽이 맞는지, 카트리지 크기와 용출 조건은 무엇인지 정리해 줍니다. 생체시료 추출 조건이 필요하면 도구 안에서 모드를 바꿔 쓸 수 있습니다.

원문 대조 검증 수식 근거 검증

이 도구의 수치·조건·품번은 Phenomenex 원문과 대조 검증을 거쳤습니다(2026-09-23). 값은 판(legacy OTX · OTX Pro)과 문서마다 다를 수 있어 화면에 출처를 함께 적었습니다. 배지가 보증하는 범위는 「화면의 내용이 원문과 일치하는가」까지입니다.

Clarity Oligo SPE Method BuilderOTX · OTX Pro · QSP · RP-Desalting

올리고뉴클레오타이드(Oligonucleotide) 추출·정제 메소드 빌더. Bioanalytical (생체에서 추출 — OTX/OTX Pro) 및 Synthetic Oligo Purification (합성 후 정제 — QSP/RP-Desalting) 두 가지 워크플로우로 Phenomenex Clarity™ 라인업의 4개 메소드와 Part Number를 추천합니다.

궁금한 점 물어보기 Clarity OTX Pro Guide

⚠

본 도구는 교육·참고 목적입니다. Phenomenex Clarity OTX/OTX Pro/QSP/RP-Desalting User Guide의 핵심 요약만 제공합니다. 실제 분석 전 application note의 modification·matrix·oligo type별 회수율 검증을 수행하세요. Lysis Loading Buffer 등은 proprietary formulation으로 대체 불가.

분석 목적

Step 1 — Trityl (DMT) 상태

차이: DMT On은 full-length 분리·정제 (failure sequence 제거), DMT Off는 desalting (LC/MS-incompatible 염류 제거 — purity는 ~71% 유지).

Step 4 — Format & Size 선택

Step 5 — 추천 Clarity Oligo SPE Kit

Clarity QSP™ — 50 mg/well

96-well — 200 nmole synthesis 96 시료

8E-S102-DGB

Format

96-Well Plate

Size

50 mg/well

Load Volume

200 nmole synthesis

Unit

1/Box

Recovery

> 90% (full-length target oligo)

Oligo Length

Synthesis scale: 200 nmole ~ 50 µmole

강점

20분 이내 처리 (3-step), > 90% recovery, 92% purity
Full-Length Trityl-On vs N-1 sequence 완전 분리
별도 wash step 불필요 (Trityl-off 불순물 직접 통과)
96-well plate (50 mg) ~ 5 g/60 mL bulk cartridge — synthesis scale 매칭

한계

Trityl-On 합성에만 적용 (Trityl-Off는 RP-Desalting 사용)
DCA 사용 — 안전 취급 필수 (eye·skin·inhalation)
Synthesis scale에 따라 cartridge size 매칭 필요

💡 권장 LC 컬럼: Clarity Oligo-RP C18 (3/5/10 µm) — Analytical 또는 Prep

Step 6 — Workflow Protocol (Clarity QSP™)

DMT On (Trityl On) 합성 oligo 정제 — Quick·Simple·Pure. 3-step workflow, 20분 이내, > 90% recovery, 92% purity.

Pre-treatment

Trityl-on oligo cocktail을 cleavage/deprotection solution과 1:1 (v/v) Loading buffer로 혼합

💡 Loading Buffer는 RNA-TBDMS용 별도 (RNA TOM chemistry는 원문상 «DNA loading buffer»를 쓴다(QSP 브로셔 「for RNA TOM chemistry, DNA loading buffer is used instead of RNA buffer」))

Load Crude

Crude oligo cocktail을 cartridge/plate에 적용 — Trityl-off 불순물·failure sequences는 직접 통과 (no wash required)

💡 Trityl 그룹이 RP sorbent에 보유 → target oligo만 흡착

Detritylate (DCA)

DCA(Dichloroacetic acid) 적용 — Trityl 그룹 제거. cartridge 상단에 옅은 orange band (DMT 잔류) 관찰. 원문: 1% DCA에서 depurination < 2%, 3% DCA에서는 5%까지 증가 — 150 mg·5 g 프로토콜은 2–3% DCA를 쓴다

Elute Target

pH-buffered elution buffer (downstream 호환 선택) — Full-length detritylated target oligo만 회수

💡 Elution buffer는 downstream 분석 호환 선택 (LC/MS·gel 등)

Analysis

직접 LC/MS 주입 또는 dry down 후 reconstitute

💡 권장 컬럼: Clarity Oligo-RP C18 (3/5/10 µm)

QSP vs RP-Desalting 비교

항목	Clarity QSP	Clarity RP-Desalting
Trityl 상태	DMT On (Trityl On)	DMT Off (Trityl Off)
목적	Full-length 정제 (failure sequence 제거)	Desalting (염류·buffer 제거)
Workflow	3-step (Load → Detritylate → Elute)	4-step (Load → Wash → Elute)
처리 시간	< 20분	원문 미기재
Recovery	> 90% (full-length)	80–94%
Final Purity	~92%	~71% (desalting only)
Synthesis Scale	200 nmole ~ 50 µmole (5 g cartridge)	원문 각주 「200 µmol / 1 µmol」 · 카탈로그 선택표는 「Up to 1 µmol」 — 원문끼리 갈린다
최적 응용	DMT On 합성 cleanup·정제	LC/MS-ready desalting

Clarity Oligo LC 컬럼 라인업 (추가 분석)

컬럼	용도	파티클	대표 Part No.
Clarity Oligo-XT	Bioanalytical LC/MS — Core-Shell, 1 ng/mL 이하 sensitive 분석	1.7 / 2.6 / 5 µm	00B-4747-AN (1.7µm 50×2.1) · 00B-4746-AN (2.6µm 50×2.1)
Clarity Oligo-RP	Synthetic Analytical & Preparative — Failure N-1 분리, HPLC-Prep 호환	3 / 5 / 10 µm	00B-4441-E0 (3µm 50×4.6) · 00B-4441-N0 (3µm 50×10 Semi-Prep)
Clarity Oligo-RP Prep	Bulk Purification (Axia Packed)	5 / 10 µm	00F-4445-P0-AX (10µm 150×21.2) · 00F-4445-U0-AX (10µm 150×30)

※ Oligo-XT (Core-Shell)은 fully porous 대비 효율 20–90% ↑ — 1 ng/mL down detection. Oligo-RP는 A: 50 mM TEAA pH 7.5 / 5% ACN, B: Methanol / MeOH gradient 표준.

주의사항

본 도구는 교육·참고 목적입니다. 실제 분석 전 application note·각 oligo type별 회수율·linear range 사전 검증을 수행하세요.
Lysis Loading Buffer는 proprietary formulation — 대체 buffer로 Clarity OTX/OTX Pro media 사용 시 성능 보장 안 됨. 호환 buffer는 Phenomenex에서 제공.
Vacuum source 필수: Clarity 입자 크기는 gravity flow 부적합 — vacuum manifold (≥ 10" Hg) 또는 positive pressure manifold (Presston 1000) 사용.
Cartridge·Plate 재사용 금지: Matrix contaminant가 보유되어 후속 시료 오염 위험.
Phosphorothioate (PS) 보호: Cysteine 1 g/L 첨가로 desulfurization·oxidation 방지.
siRNA·RNAi 보호: TCEP-HCl 2.87 g/L 추가로 disulfide 환원, 5–15분 room temp 대기.
Tissue digestion: Bead homogenizer 권장. Ceramic beads로 nucleic acid 비특이 흡착 방지. Freeze-thaw 회피 (-70°C 저장).
Lyophilize 권장: Dry-down 시 complete dryness 회피 — oligo가 polypropylene tube 벽에 흡착되어 회수율 ↓. 8 M Urea / 0.1 M NH₄HCO₃ / 0.5 mM EDTA로 reconstitute 후 4× 희석.
QSP DCA 사용: Dichloroacetic acid는 강산성·자극성 — eye·skin·inhalation 보호 필수.
Part Number: Phenomenex 카탈로그 기준이며 주문 전 공식 채널에서 재확인 필수. 상표(Clarity™, Clarity OTX™, Clarity Pro™, QSP™, RP-Desalting™, Oligo-XT™, Oligo-RP™ 등)는 Phenomenex의 자산이며 본 도구의 표기는 교육 목적의 nominative fair use입니다.

Clarity BioSolutions 도입 문의

올리고뉴클레오타이드 분석 워크플로우를 Clarity BioSolutions로 통합하세요. 전처리부터 분석, 정제까지 원스톱 솔루션을 제공합니다.

출처·저작권 및 상표 고지

이 페이지는 Phenomenex, Inc.가 공개한 기술 자료(애플리케이션 노트·테크니컬 노트·브로셔·카탈로그 등)를 바탕으로 컬럼피아(㈜성문시스텍)가 한국 분석 실무자를 위해 번역·해설·재구성한 것입니다. 원자료의 저작권은 Phenomenex, Inc.에 있으며, 한글 해설·구성의 저작권은 ㈜성문시스텍에 있습니다. 수치와 조건은 원자료가 제시한 시험 조건에서 얻은 값이며, 개별 제품의 최종 사양은 해당 제품의 사양서를 따릅니다.

이 페이지에 표시된 Phenomenex 브랜드·제품명은 Phenomenex, Inc.의 상표 또는 등록상표입니다. 컬럼피아는 ㈜성문시스텍이 운영하며, ㈜성문시스텍은 Phenomenex의 대한민국 공식 총판입니다.