1. Clarity OTX란 무엇인가요? (Definition)

생체 시료 내 올리고뉴클레오타이드 추출 솔루션

Clarity® OTX는 혈장(Plasma), 혈청(Serum), 조직(Tissue) 등 복잡한 생체 매트릭스(Biological Matrices)로부터 치료용 올리고뉴클레오타이드 및 대사체를 효과적으로 추출하기 위한 **전문 전처리 키트**입니다.

LC-MS/MS 분석 전, 시료 내의 단백질, 세포 파편(Cell Debris), 염(Salt) 등을 제거하여 분석 감도를 높이며, 일반적인 LLE(액체-액체 추출)보다 간편한 워크플로우를 제공합니다.

2. 핵심 성능 및 이점 (Key Performance)

생체 시료 분석(Bioanalysis)의 병목 현상을 해결하는 구체적인 데이터입니다.

초고속 전처리

96개 생체 시료를 로딩부터 용출까지 15분 이내(in less than 15 mins)에 처리 가능합니다.

높은 회수율 (Recovery)

대부분의 치료용 올리고뉴클레오타이드에서 통상 > 80%의 높은 추출 회수율을 제공합니다.

분석 감도 향상

불필요한 생체 매트릭스 성분을 제거하여 이온 억제(Ion Suppression) 현상을 줄이고 MS 감도를 높입니다.

컬럼 보호

분석 컬럼을 오염시키는 단백질과 불순물을 사전에 제거하여 컬럼 수명을 연장합니다.

3. 작동 원리 (Mechanism)

Clarity OTX는 생체 시료에 특화된 혼합 모드(Mixed-mode) 고체상 추출(SPE) 기술을 사용합니다.

세포 파쇄 및 로딩 (Lyse & Load)

용해 버퍼(Lysis Buffer)가 단백질을 변성시키고 세포를 파쇄합니다.

세척 (Wash)

결합된 올리고뉴클레오타이드는 유지하면서, 단백질과 세포 찌꺼기를 씻어냅니다.

용출 (Elute)

정제된 올리고뉴클레오타이드만을 선택적으로 회수하여 즉시 LC-MS로 분석합니다.

4. 주요 응용 분야 (Applications)

DMPK / ADME 연구

신약 개발 단계에서의 약물 대사 및 체내 동태 연구.

Tox (독성) 연구

임상 및 비임상 시료의 고감도 분석.

바이오마커 분석

혈액 등 생체 유래 miRNA/siRNA 추출.

5. 자주 묻는 질문 (FAQ)

Q.합성 후 정제(Purification) 용도로도 사용할 수 있나요?

A.아니요, Clarity OTX는 생체 시료 전처리용입니다. 합성 직후의 올리고뉴클레오타이드 정제(Trityl-on purification 등)가 필요하시다면 Clarity QSP 제품을 권장합니다.

Q.어떤 종류의 생체 시료에 사용할 수 있나요?

A.혈장(Plasma), 혈청(Serum), 소변(Urine), 각종 조직(Liver, Kidney 등) 균질액(Homogenate) 등 다양한 생체 시료에 최적화되어 있습니다.

6. 조건별 선택 도구 (Interactive Selector)

생체시료에서 ASO·siRNA를 추출할 때 OTX와 OTX Pro 중 어느 쪽이 맞는지, 시료 종류별 전처리 조건과 카트리지 크기는 무엇인지 정리해 줍니다. 합성 oligo 정제 조건이 필요하면 도구 안에서 모드를 바꿔 쓸 수 있습니다.

원문 대조 검증 수식 근거 검증

이 도구의 수치·조건·품번은 Phenomenex 원문과 대조 검증을 거쳤습니다(2026-09-23). 값은 판(legacy OTX · OTX Pro)과 문서마다 다를 수 있어 화면에 출처를 함께 적었습니다. 배지가 보증하는 범위는 「화면의 내용이 원문과 일치하는가」까지입니다.

Clarity Oligo SPE Method BuilderOTX · OTX Pro · QSP · RP-Desalting

올리고뉴클레오타이드(Oligonucleotide) 추출·정제 메소드 빌더. Bioanalytical (생체에서 추출 — OTX/OTX Pro) 및 Synthetic Oligo Purification (합성 후 정제 — QSP/RP-Desalting) 두 가지 워크플로우로 Phenomenex Clarity™ 라인업의 4개 메소드와 Part Number를 추천합니다.

궁금한 점 물어보기 Clarity OTX Pro Guide

⚠

본 도구는 교육·참고 목적입니다. Phenomenex Clarity OTX/OTX Pro/QSP/RP-Desalting User Guide의 핵심 요약만 제공합니다. 실제 분석 전 application note의 modification·matrix·oligo type별 회수율 검증을 수행하세요. Lysis Loading Buffer 등은 proprietary formulation으로 대체 불가.

분석 목적

Step 1 — Oligo 종류

ASO (안티센스 올리고) · 권장 메소드: Clarity OTX Pro™

대부분 phosphorothioate (PS) — Cysteine 첨가 권장. 12–25 nt 표준.

💡 사전 처리: Phosphorothioate backbone이면 Cysteine 1 g/L 추가 (desulfurization 방지)

Step 2 — 시료 매트릭스

원심분리 후 plasma fraction 분리. 생체액은 동량(1:1) Lysis Loading Buffer (OTX) / 1:3 (OTX Pro).

Step 3 — Method 선택 (OTX vs OTX Pro)

Step 4 — Format & Size 선택

Step 5 — 추천 Clarity Oligo SPE Kit

Clarity OTX Pro™ — 2 mg/well Microelution

Microelution — 초미량 (OTX Pro 호환)

8M-S103-4GA

Format

96-Well Plate

Size

2 mg/well Microelution

Load Volume

0–5 µL

Unit

1/Box

Recovery

OTX Pro «User Guide»에는 회수율 수치가 없다(적는 것은 「day-to-day variability 개선」뿐). 응용노트 TN-1414는 GalNAc 접합 siRNA에서 ≥ 87.6 %(plasma, AS)·≥ 84.7 %(SS)·≥ 80.4 %(liver S9)를 싣는다. 화면의 「> 80 %」는 legacy OTX 자료의 값이다

Oligo Length

2–60 nt (OTX Pro User Guide 개요 기준. 같은 문서 FAQ는 「4 to 60 nt」로 적어 원문끼리 갈린다)

강점

Day-to-day variability 개선 (next-gen formulation)
5 plate sizes (2/10/25/50/100 mg/well) — 시료량별 최적화
Clarity Proteinase K Kit 통합 (KS0-9541) — tissue digestion ready-to-use
Metabolite analysis 가능 (parent + shortmer 동시 회수) — PK/metabolism 적합

한계

OTX 대비 비용 ↑
Lysis Loading Buffer cloudy 가능 (vortex 권장)
Cartridge format은 100 mg/3 mL, 500 mg/6 mL만 지원

💡 권장 LC 컬럼: Clarity Oligo-XT (Core-Shell, 1.7/2.6/5 µm)

Step 6 — Workflow Protocol (Clarity OTX Pro™)

차세대 OTX — day-to-day variability 개선, 5 plate sizes (2/10/25/50/100 mg/well), Clarity Proteinase K Kit 통합. 2–60 nt, 복잡한 매트릭스 강화.

Sample Pre-Treatment

Option A (Lysis Loading Buffer): 1:3 비율 (sample:LLB) · vortex 5초 · room temp 5분 · or Option B (Clarity Proteinase K): 50 µL plasma + 10 µL Guanidine + 5 µL TCEP + 25 µL Proteinase K → 55°C × 40–60분 · 1:1 Equilibration Buffer 희석

💡 Tissue: 옵션에 따라 다르다 — Option A(LLB)는 「Lysis Loading Buffer 부피의 3~5배」로, Option B(Proteinase K)는 「100 mM Tris HCl, pH 7 buffer」로 homogenize. 두 옵션의 시약과 비율을 섞지 말 것. ≥25 mg sorbent: vacuum/positive pressure 강화

Condition

Methanol — 2 mg: 200 µL · 10 mg: 200 µL · 25 mg: 500 µL · 50/100 mg: 1000 µL

Equilibration

Equilibration Buffer (proprietary) — 2 mg: ≥200 µL · 10/25/50 mg: ≥500 µL · 100 mg: ≥500 µL

Load

Pre-treated sample — 2 mg: 0–5 µL · 10 mg: 0–25 µL · 25 mg: 0–30 µL · 50 mg: 0–125 µL · 100 mg: 0–250 µL

💡 Lysis Loading Buffer는 sorbent에서 완전 제거되어야 함 (특히 high-mass plate, vacuum/positive pressure 강화)

Wash 1 (Equilibration Buffer)

2 mg: ≥50 µL · 10 mg: ≥200 µL · 25 mg: 1000–3000 µL · 50 mg: ≥250 µL · 100 mg: ≥400 µL

💡 Tissue: 1 wash with Equilibration Buffer + 2 washes with Wash Buffer

Wash 2 (Wash Buffer)

2 mg: 50–600 µL · 10 mg: 50–2000 µL · 25 mg: 0.1–2 mL · 50 mg: 250–2000 µL · 100 mg: 200–2000 µL

Elute (Elution Buffer)

2 mg: ≥50 µL · 10 mg: ≥60 µL · 25 mg: ≥150 µL · 50 mg: ≥200 µL · 100 mg: ≥500 µL

💡 Extracts can be diluted 1:1 with water or dried down + reconstituted to reduce organic solvent content

LC-MS/MS

Dry down (lyophilize 권장) → reconstitute → injection. OTX Pro User Guide FAQ: 「the extraction efficiency (recovery) is linear within the range of 1-1000 ng/mL」.

💡 권장 컬럼: Clarity Oligo-XT

OTX vs OTX Pro 비교

항목	Clarity OTX	Clarity OTX Pro
세대	Legacy (1세대)	Next-generation
Oligo Length	4–50 ntFAQs Flyer 기준 · User Guide는 4–35 nt	2–60 nt
Plate Sizes	3종 (2 / 25 / 100 mg)	5종 (2 / 10 / 25 / 50 / 100 mg)
Day-to-day Variability	표준	개선
정량 구간OTX 5–2000은 FAQs Flyer · OTX Pro 1–1000은 OTX Pro UG 기준. OTX UG 자체는 「linear well over the 1 - 1000 ng/mL」로 같은 구간을 적는다	5–2000 ng/mL	1–1000 ng/mL
Proteinase K Kit	별도 in-house	Clarity PK Kit (KS0-9541)
Workflow Steps	4-step (+pre-treatment)	5-step (Wash 1 + Wash 2)
Metabolite Analysis	제한적	Parent + shortmer 동시 회수
최적 응용	검증된 ASO·siRNA legacy	GalNAc·LNP·신규 modification

Clarity Oligo LC 컬럼 라인업 (추가 분석)

컬럼	용도	파티클	대표 Part No.
Clarity Oligo-XT	Bioanalytical LC/MS — Core-Shell, 1 ng/mL 이하 sensitive 분석	1.7 / 2.6 / 5 µm	00B-4747-AN (1.7µm 50×2.1) · 00B-4746-AN (2.6µm 50×2.1)
Clarity Oligo-RP	Synthetic Analytical & Preparative — Failure N-1 분리, HPLC-Prep 호환	3 / 5 / 10 µm	00B-4441-E0 (3µm 50×4.6) · 00B-4441-N0 (3µm 50×10 Semi-Prep)
Clarity Oligo-RP Prep	Bulk Purification (Axia Packed)	5 / 10 µm	00F-4445-P0-AX (10µm 150×21.2) · 00F-4445-U0-AX (10µm 150×30)

※ Oligo-XT (Core-Shell)은 fully porous 대비 효율 20–90% ↑ — 1 ng/mL down detection. Oligo-RP는 A: 50 mM TEAA pH 7.5 / 5% ACN, B: Methanol / MeOH gradient 표준.

주의사항

본 도구는 교육·참고 목적입니다. 실제 분석 전 application note·각 oligo type별 회수율·linear range 사전 검증을 수행하세요.
Lysis Loading Buffer는 proprietary formulation — 대체 buffer로 Clarity OTX/OTX Pro media 사용 시 성능 보장 안 됨. 호환 buffer는 Phenomenex에서 제공.
Vacuum source 필수: Clarity 입자 크기는 gravity flow 부적합 — vacuum manifold (≥ 10" Hg) 또는 positive pressure manifold (Presston 1000) 사용.
Cartridge·Plate 재사용 금지: Matrix contaminant가 보유되어 후속 시료 오염 위험.
Phosphorothioate (PS) 보호: Cysteine 1 g/L 첨가로 desulfurization·oxidation 방지.
siRNA·RNAi 보호: TCEP-HCl 2.87 g/L 추가로 disulfide 환원, 5–15분 room temp 대기.
Tissue digestion: Bead homogenizer 권장. Ceramic beads로 nucleic acid 비특이 흡착 방지. Freeze-thaw 회피 (-70°C 저장).
Lyophilize 권장: Dry-down 시 complete dryness 회피 — oligo가 polypropylene tube 벽에 흡착되어 회수율 ↓. 8 M Urea / 0.1 M NH₄HCO₃ / 0.5 mM EDTA로 reconstitute 후 4× 희석.
QSP DCA 사용: Dichloroacetic acid는 강산성·자극성 — eye·skin·inhalation 보호 필수.
Part Number: Phenomenex 카탈로그 기준이며 주문 전 공식 채널에서 재확인 필수. 상표(Clarity™, Clarity OTX™, Clarity Pro™, QSP™, RP-Desalting™, Oligo-XT™, Oligo-RP™ 등)는 Phenomenex의 자산이며 본 도구의 표기는 교육 목적의 nominative fair use입니다.

대표 응용 자료 리스트

실제 적용 사례와 분석 방법을 확인해보세요

1. Automated Method Development of Oligonucleotide in Tissues Using Clarity OTX 96 Well Plate and High Resolution Mass Spectrometry (TN-0097)

2. Extraction of 2'-MOE Phosphorothioate from Plasma Using Clarity OTX

3. Clarity OTX Solid Phase Extraction Overview

4. Clarity OTX Application Guide

5. Clarity OTX User Guide

6. Clarity OTX

7. Clarity OTX Pro User Guide

Clarity OTX 응용 자료 찾기

컬럼피아 기술문서 가운데 Clarity OTX 관련 자료입니다. 각 문서에 원문 조건과 한글 요약이 있습니다.

한글 해설 응용자료

GalNAc-siRNA 혈장 및 간 조직 SPE 분석 가이드 (Clarity OTX Pro)원문 요약 →

지질 결합 ASO 혈장 SPE 원문 요약 →

조직 내 올리고뉴클레오타이드 분석: Clarity OTX 및 Biozen Oligo 가이드 원문 요약 →

혈장 내 올리고뉴클레오타이드(SSO) 분석: Clarity OTX 및 Biozen Oligo 활용 가이드 원문 요약 →

기술문서 요약

혈장·간 중 PS·접합 올리고 추출 (마이크로용출 SPE)

25 mg/well 플레이트 최적화 프로토콜

2 mg/well 플레이트 최적화 프로토콜

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